近年爆发了几次严重的病毒性传染病，包括SARS、MERS、Ebola、Marburg以及现在的COVID-19病毒，而这些病毒的起源都与蝙蝠密切相关，所以蝙蝠被称为“毒王”。据研究，人类的流感病毒基本都来自禽类，本来卵生动物的病毒很难传染给哺乳动物，但是蝙蝠打破了这个物种界限，蝙蝠是唯一会飞的哺乳动物。
科学家研究发现，蝙蝠的体温比其他哺乳动物更高，和鸟类相似，达到了38-41摄氏度。当人体生病时，我们的免疫系统为了防止病毒生存和繁殖，会主动升高人体的体温，让病毒无法繁殖，甚至达到杀死病毒的目的。而蝙蝠的体温刚好是人类高烧时的体温，所以当病毒遇到蝙蝠时，高温会使得蝙蝠体内的病毒无法大规模繁殖。因此，蝙蝠虽然携带了许多病毒，但这些病毒却能够和它们“和谐相处”。
另一方面，美国加州大学伯克利分校的研究人员发现，蝙蝠不是杀灭病毒，而是关闭细胞，排出病毒。为了活命而排出病毒本来无可厚非，但是蝙蝠排毒过程加强了病毒对人类的传染性和毒性（Corona virus outbreak raises question: Why are bat viruses so deadly? Science Daily, 10 February 2020）。
病毒必须侵入细胞才能生存繁殖。研究发现，当病毒进入蝙蝠体内，细胞会对病毒感染产生迅速反应，关闭细胞，促使病毒脱离出细胞之外。虽然这可以保护蝙蝠细胞免于高数量的病毒感染，但也诱导病毒更快地自我复制繁殖，使蝙蝠自身成为快速繁殖病毒的储存库。蝙蝠免疫系统还能触发“干扰素-α”信号分子，从而减轻与抗病毒免疫反应有关的炎症。而人类罹患新冠肺炎后，免疫反应容易失控而激烈攻击正常肺细胞，导致炎症因子爆发。
虽然“道高一丈”的蝙蝠成功抵御病毒，但是“魔高一尺”的病毒也获得了更高的毒性。这些经过蝙蝠免疫系统“历练”的病毒进入缺乏快速免疫反应系统的动物（比如人类）时，它们会很快彻底占领宿主细胞，从而导致高死亡率。研究人员说，人类对蝙蝠栖息地的破坏给蝙蝠造成压力，促使它们的唾液、尿液和粪便中释放出更多的病毒，从而可能感染其他动物。
蝙蝠身上的病毒一般是通过动物媒介传播给人类的。所以应该避免动物和人在封闭空间密切接触。比如，过去的农贸市场都是露天的，现在基本都改成室内，空气流动不畅，可能使菜场成为病毒发源地的原因之一。病毒传染病一般都会在一定时间自行消退。一个原因是病毒迅速变异以便和人体和平共处，另外一个原因是气候变化。事实上，处于空气流通环境中的新冠病毒患者更容易痊愈，说明个人环境中的小气候对防治病毒感染也很重要。
